Desde 1950 su arte experimenta ciertos cambios y su obra ofrece un estilo más próximo al constructivismo, como se observa en el edificio de Reaseguros Alianza de la ciudad de México, cuyo mural "Estilización de motivos mayas" (1953) está realizado en mosaico de vidrio. Con esta misma técnica, en la década de 1950 realizó diversos murales para empresas comerciales y privadas mexicanas. También en 1956 realizó, en el Palacio Municipal de Guatemala, un mosaico de vidrio (La mestiza de Guatemala). Desde entonces, Mérida alternó la realización de murales para México y Guatemala, en los que dominaban motivos abstractos y constructivos. Con el espíritu innovador que le caracterizaba, en 1964 hizo un muro vitral en la sala "Cora Huichol" (Los adoratorios) del Museo Nacional de Antropología de México D.F. y en 1968, otro en el Centro Cívico de San Antonio (Texas) (La confluencia de las civilizaciones en América). En 1965 recibió la medalla de oro de la Dirección General de Cultura y Bellas Artes de Guatemala, y en 1980 "Orden del Águila Azteca" de la Secretaría de Relaciones Exteriores de México.
