Durante su gestión continuó la política iniciada en la anterior presidencia, emprendiendo un vasto programa de reformas que abarcaron, entre otros aspectos, a la Iglesia, la economía y la educación. Fundó el Banco Hipotecario, el llamado hospital de Oriente, la Escuela Politécnica y mandó construir el Cementerio General de Guatemala. Además, durante su presidencia, en Guatemala se tendieron las primeras líneas telegráficas y ferroviarias, firmándose el contrato para la construcción del ferrocarril del Sur.
En el orden administrativo y legal, se promulgaron el Código Penal, el Militar y el Código Fiscal. Algunas de estas leyes aún siguen vigentes. Asimismo fueron creados los departamentos de Retalhuleu y Baja Verapaz. Se estableció la educación pública gratuita, a través de escuelas en todo el país, suprimiéndose paralelamente las hermandades y órdenes religiosas.
Barrios también promulgó la Constitución de 1879 y, al año siguiente, fue reelegido Presidente para un mandato de seis años.
Por otro lado, hay que decir que Barrios sometió a los indígenas a trabajos forzados y persiguió enconadamente a la oposición, teniendo muchos guatemaltecos que huir al exilio