Nacio en Huehuetenango, el 25 de abril de 1917 allí aprendió sus primeras letras en el colegio "La aurora". A los seis años actuó en el Teatro Municipal de aquella cabecera departamental. En 1927 se trasladó con su familia a Quetzaltenango, en donde ofreció varias actuaciones como cantante y declamador.
Paco Pérez hizo su debut como cantante en 1935 en el Teatro Municipal de Quetzaltenango, con el acompañamiento al piano de Juan Sandoval. Posteriormente, con Manolo Rosales y José Alvarez, formó el Trío Quetzaltecos.
En la inauguración de la radio TGQ, en 1937, realizó una serie de conciertos. Fue inmortalizado por su vals-canción Luna de Xelajú (1944), que ha pasado a ser componente de la identidad de muchos guatemaltecos. Esta canción de fuerte identidad forma parte de los repertorios de la mayoría de cantantes, coros, orfeones, marimbas y todo tipo de agrupaciones instrumentales en Guatemala.
Paco Pérez falleció trágicamente junto con su pianista Mario Lara Montealegre y otros artistas en un accidente aéreo sobre El Petén, Guatemala el 27 de octubre de 1951, a los 34 años de edad.