Nació en Guatemala el 29 de abril de 1777. Hijo de padres Guatemaltecos, don Fermín Almirante con el cargo de oficial tercero de la Contaduría, y doña Ramona Antonia de Ochoa. Inició sus estudios en la Escuela de los "Seis", posteriormente en la escuela de Belén. El doctor Molina se casó el 9 de febrero de 1804 con doña Dolores Bedoya de Molina, prócer de la Independencia. Apoyaba con fervor la Independencia de Centroamérica, y se puso a la cabeza del Partido "Los Cacos" con el fin de luchar por la independencia. Fue un periodista incansable y gran escritor y literario, redactó el periódico "El Genio de la Libertad", el 24 de julio de 1820 fundó el periódico "El Editor Constitucional", a través del cual luchó valientemente por los principios de libertad. El 10 de marzo de 1848 publicó el periódico "El Album Republicano", órgano de la oposición por el cual fue a parar a las bóvedas del Castillo de San José el 1 de mayo del mismo año, como preso incomunicado. Fue catedrático en la Universidad de San Carlos de Guatemala el 10 de noviembre de 1802, en 1820 presentó a las autoridades universitarias un plan de reformas en la enseñanza de medicina, el cual fue aceptado y puesto en práctica.
En el año de 1821 se oyó su enérgica voz en contra de la anexión a México atribuida al gobierno de Gabino Gaínza y los conservadores. Cuando Gabino Gaínza comunicó la anexión a México Pedro Molina dijo: "UNA PIARA DE PUERCOS NO SE ANEXARIA TAN DE BALDE PERO LOS AMBICIOSOS DE EMPLEO Y DISTINCIONES ASI LO QUERRIAN, Y LOS NECIOS LOS SECUNDARON".
Se le considera el Mesías de la Independencia. Se graduó como Bachiller en Medicina, en la Universidad de San Carlos. Estaba de diputado al Congreso el 1 de Julio de 1823, cuando firmó el Acta de Independencia Absoluta. Fue derrocado por Manuel José Arce, en ese momento sale con rumbo a el Salvador con el objeto de unirse a los liberales que luchaban por la libertad y la constitucionalidad.
